En el informe de la Cuenta Pública 2017, la Auditoría reveló que la SEP careció de metodología para conocer el nivel de logro académico alcanzado por más de 3 millones de alumnos.
Según la dependencia, los programas con mayores montos observados fueron los de educación media superior, fortalecimiento financiero, Seguro Popular y Escuelas de Tiempo Completo.