Fue acusado tras presuntamente haber desviado 96 millones 685 mil 253 pesos de las arcas públicas a través de las secretarias de Hacienda y Desarrollo Rural en el periodo de 2011 a 2014.
Uno de los declarantes dijo que tuvo conocimiento de que se liberaron recursos públicos para beneficiar al ex gobernador, como la construcción de un rastro en Saucillo.
César Duarte era buscado por la Interpol desde 2017, por los delitos de peculado agravado y peculado, delito previsto y sancionado en el artículo 11, fracción III, de la Ley General en Materia de Delitos Electorales.