Durante la última etapa del gobierno de Enrique Alfaro, el ex mandatario recalcaba que en temas de desapariciones forzadas no existían, pues algunos de los mismos decidían ir por voluntad propia.
El morenista afirmó además que el sexenio anterior del gobierno del estado tiene una gran deuda, porque por alguna razón Jalisco se convirtió en la entidad con mayor incidencia de desaparecidos del país.
Durante el gobierno de Enrique Alfaro, el PAN cedió parte de su influencia en el sistema judicial, lo que permitió a MC tener cierto control sobre los tribunales.